Музей Истории и Культуры Узбекистана им. Акмаля Икрамова. Тел.  (998-662) 35-38-96. Богатая коллекция экспонатов, начиная с эпохи до нашей эры, отражающая уклад и события жизни в регионе. Среди экспонатов можно выделить гроб Тимура, заменённый во время вскрытия гробницы Тимура в 1941 г., Коран, написанный на пальмовых листьях длиною более 1.5 метра, который находился на особом пюпитре из мрамора в Мечети Биби-Ханым и библиотеку, состоящую из древних исламских рукописей и 20 Коранов, датируемых XI веком.  Располагается в старой части города за Медрессе Шердор (Регистан), напротив торгового купола Чорсу.

Музей Античной Истории Самарканда. Тел.  (998-662) 35-53-36. Небольшой музей, расположенный на городище Афросиаб (предшественнике современного Самарканда). Здесь собраны экспонаты различных периодов античной истории Самарканда - оссуарии, остатки древних клинков, ножей, стрел, монеты, керамика, а также уникальные фрески, обнаруженные при раскопках на Городище. После посещения Музея, можно также побродить по Афросиабу. Располагается на месте городища Афросиаб. Добраться до Музея, можно на машине или дойти пешком, следуя от Мечети Хазрат Хизра в сторону Мавзолея Святого Даниила или Обсерватории Улугбека.

Краеведческий Музей Самаркандской области. Тел. (998-662) 33-03-52. Музей экспонатов, рассказывающих об истории Самаркандского края. Среди экспозиций можно выделить "Флора и Фауна", "Интерьеры жилых помещений и мастерских", фотографии, книги. Дом, в котором располагается Музей, сам обладает музейной ценностью - это дом известного еврейского купца Каландарова. Располагается по ул. Шарафа Рашидова (бывшая Советская), недалеко от Музея Виноделия

Музей Мира и Солидарности. Тел. (998-662) 35-38-96, 33-17-53. Уникальный музей экспонатов, связанных с миром и дружбой народов. Музейная коллекция включает в себя свыше 20 тысяч экспонатов из более 100 стран всех пяти континентов. У музея также есть несколько интересных проектов, среди которых - проект "Автограф Мира" - уникальная коллекция подписанных фотографий, личных посланий и произведений с автографами людей, внесших значительный вклад в созидание лучшего мира на нашей планете. 

Музей Мирзо Улугбека. Тел. (998-662) 35-03-45. Небольшой музей, где выставлены отрывки из знаменитых "Гургановых Таблиц" - таблиц со сведениями о звёздах, вычисленных Улугбеком и его соратниками, гравюры, свидетельствующие о высоком авторитете Улугбека среди европейских учёных (никогда его не видевших, но использующих его труды), фотографии раскопок Обсерватории, небольшая коллекция древних астрономических инструментов. Располагается на месте расположения останков Обсерватории Улугбека

Литературно-Мемориальный Музей Садриддина Айни. Тел. (998-662) 35-51-53. Дом-Музей Садриддина Айни (1878-1954) - джадида, основоположника современной таджикской и узбекской литературы, автора повестей и романов "Смерть Ростовщика", "Рабы", "Дахунда", "Адина". Присутствовал при вскрытии гробницы тимуридов в Гур-Эмире. Располагается в старой части города, в 30 метрах от гостиницы Зарина.

Дом Музей Орифа Гульхани. Тел.  (998-662) 35-92-25, 25-39-50. Дом-Музей Орифа Гульхани - самаркандского поэта, мыслителя. Более 2500 экпонатов, состоящих из предметов обихода конца 19-го-начала 20 вв., ценных рукописей и старинных книг. Для посещения требуется предварительная запись. Располагается в старой части города, недалеко от Самаркандского Государственного Университета

Самаркандская Арт Галерея. Тел. (998-662) 33-51-43. Коллекция произведений самаркандских живописцев и скульптуров. Располагается в Центральном Городском Парке в здании старой Церкви Св. Георгия (ныне не действующей).

Музей Виноделия при Вин.Заводе им. Ховренко. Тел. (998-662) 33-05-70. Музей история виноделия в Самарканде, грамоты, медали самаркандских вин, возможность продегустировать и купить самаркандские вина.

Арт-мастерская и Ателье Валентины Романенко. Тел. (998-662) 33-69-70, 31-15-32. Целая планета в которой сплелись воедино расписанный вручную шелк, старинные материалы, аппликации, забытые секреты старинных мастеров и современное швейное оборудование.

В городище Афрасиаб расположен Музей Афрасиаба с обширным собранием археологических находок, сделанных на месте этого древнего города.